Index 仍然是一个逃犯,许多强大的魔法组织和个人想带她去使用记忆中的书籍,在这个过程中消除她。这些组织之间的战争也开始出现。Index 只能依靠她的朋友 Touma,他一直保护她和 Misaka 以及学院的其他朋友。